漢字在1930年前後採用注音符號標註發音，之後陸續有幾種不同的羅馬拼音方式也開始使用，包含有通用拼音（台灣拼音）、漢語拼音、威氏拼音(Wade-Gilos，又翻譯為威托瑪拼音、韋氏拼音、韋傑拼音等)、國音二式。
| 注音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | ||
|---|---|---|---|---|
| 聲母 | 聲母 | |||
| ㄅ | b | b | ||
| ㄆ | p | p | ||
| ㄇ | m | m | ||
| ㄈ | f | f | ||
| ㄉ | d | d | ||
| ㄊ | t | t | ||
| ㄋ | n | n | ||
| ㄌ | l | l | ||
| ㄍ | g | g | ||
| ㄎ | k | k | ||
| ㄏ | h | h | ||
| ㄐ | j | ji | ||
| ㄑ | q | ci | ||
| ㄒ | x | si | ||
| 注音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | ||
| 單獨聲母 | 聲母(+韻母) | 單獨聲母 | 聲母(+韻母) | |
| ㄓ | zhi | zh | jhih | jh |
| ㄔ | chi | ch | chih | ch |
| ㄕ | shi | sh | shih | sh |
| ㄖ | ri | r | rih | r |
| ㄗ | zi | z | zih | z |
| ㄘ | ci | c | cih | c |
| ㄙ | si | s | sih | s |
| 注音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | ||
| 韻母 | 韻母 | |||
| ㄚ | a | a | ||
| ㄛ | o | o | ||
| ㄜ | e | e | ||
| ㄝ | ê | ê | ||
| ㄞ | ai | ai | ||
| ㄟ | ei | ei | ||
| ㄠ | ao | ao | ||
| ㄡ | ou | ou | ||
| ㄢ | an | an | ||
| ㄣ | en | en | ||
| ㄤ | ang | ang | ||
| ㄥ | eng | eng | ||
| ㄦ | er | er | ||
| 注音 | 漢語拼音 | 通用拼音 | ||
| 結合韻母 | (聲母+)結合韻母 | 單獨韻母 | (聲母+)結合韻母 | |
| ㄧ | yi | i | yi | i |
| ㄧㄚ | ya | ia | ya | ia |
| ㄧㄛ | yo | - | yo | - |
| ㄧㄝ | ye | ie | ye | ie |
| ㄧㄞ | yai | - | yai | - |
| ㄧㄠ | yao | iao | yao | iao |
| ㄧㄡ | you | iu | you | iou |
| ㄧㄢ | yan | ian | yan | ian |
| ㄧㄣ | yin | in | yin | in |
| ㄧㄤ | yang | iang | yang | iang |
| ㄧㄥ | ying | ing | ying | ing |
| ㄨ | wu | u | wu | u |
| ㄨㄚ | wa | ua | wa | ua |
| ㄨㄛ | wo | uo | wo | uo |
| ㄨㄞ | wai | uai | wai | uai |
| ㄨㄟ | wei | ui | wei | uei |
| ㄨㄢ | wan | uan | wan | uan |
| ㄨㄣ | wen | un | wun | un |
| ㄨㄤ | wang | uang | wang | uang |
| ㄨㄥ | weng | ong | wong | ong |
| ㄩ | yu | ü | yu | yu |
| ㄩㄝ | yue | ue | yue | yue |
| ㄩㄢ | yuan | uan | yuan | yuan |
| ㄩㄣ | yun | un | yun | yun |
| ㄩㄥ | yong | iong | yong | yong |
通用拼音系統，主要針對台灣使用的特性將漢語拼音改良而成：
1. 漢語拼音字母 u 既作ㄨ又作ㄩ，而ㄩ要使用到三個符號 yu, u, ü 來標記，例如字母 bu 是ㄅㄨ、 pu 是ㄆㄨ，但 ju 卻是ㄐㄩ，而ㄋㄩ又標記為 nü。
2. 漢語拼音的字母 i 既作母音 [i] 又作「空韻」，例如字母 bi 是ㄅㄧ、 pi 是ㄆㄧ，但 si 卻是ㄙ，這樣標記與台灣現有的母語拼音系統易產生衝突。例如輸入ㄒ，採用通用拼音的 si 輸入的會比 xi 多。故主張通用拼音專家，認為台灣人使用通用拼音會比使用漢語拼音為佳。自然輸入法的拼音輸入都可以支援，且可以支援兩種拼音混合輸入。
| 通用拼音 | 漢語拼音 |
|---|---|
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所有ㄩ用 yu 貫串(PS. 自然輸入法用v來輸入亦可），例如： 女 = nyu 徐 = syu 余 = yu |
ㄩ要使用三種符號：yu, u, ü ，例如： 女= nü 徐= xu 余= yu |
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零聲母音節可用一條規則貫串 翁=wong 溫=wun 風=fong |
零聲母音節不能用一條規則貫串 翁=weng 溫=wen 風=feng |
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空韻用 ih 吃=chih 師=shih 司=sih |
空韻用 i 吃=chi 師=shi 司=si |
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ㄐ ㄑ ㄒ ㄓ ㄔ ㄕ ji, ci, si, jh, ch, sh |
ㄐ ㄑ ㄒ ㄓ ㄔ ㄕ j, q, x, zh, ch, sh |
|
ㄘ ㄙ c, s |
ㄘ ㄙ ci, si |
自然輸入法可以支援通用拼音及漢語拼音的輸入，也可以將輸入的中文字，以漢語拼音或通用拼音音標來輸出。
自然輸入法的拼音輸入，有別於中國大陸常用的拼音輸入：
1. 要輸入聲調，一聲、二聲、三聲、四聲、輕聲分別由數字鍵 1,2,3,4,5 或 [空白鍵]、d、f、j、s 來對應輸入。
2. 漢語拼音輸入，「ü」以「v」或「yu」鍵來替代輸入。
3. 漢語拼音與通用拼音可兼容，兩種拼音系統也可混和輸入。